Prima che un medico possa curare un paziente, deve sapere cosa c’è che non va in lui, giusto?
Non è così difficile se il problema è la varicella o una distorsione alla caviglia, ma le infezioni possono essere molto più difficili da individuare per un test diagnostico. La polmonite virale e la polmonite batterica, ad esempio, causano sintomi simili ma possono richiedere trattamenti diversi.
Il problema è noto a tutti: un test diagnostico è progettato per cercare solo un virus, un batterio o un altro agente patogeno specifico in un tipo specifico di campione, come il sangue o le urine.
Ogni test diagnostico richiede tempo per essere analizzato e, se il primo ciclo di test non è conclusivo, un medico potrebbe doverne ordinare un altro. In sintesi: pazienti sottoposti nuovamente al processo a volte invasivo della raccolta dei campioni e ritardi nelle cure.
Il test diagnostico universale
Gli scienziati della UC San Francisco affermano di aver sviluppato un singolo test diagnostico in grado di cercare qualsiasi tipo di campione per il DNA di patogeni noti e fornire risultati in appena sei ore.
Abbiamo già test che le cercano il codice genetico di virus o batteri in un campione. Un esempio su tutti? Il test diagnostico per il COVID-19 più comunemente usato (chiamato test RT-PCR) funziona proprio cercando l’RNA del coronavirus.
Quello che i ricercatori della UC San Francisco hanno sviluppato è un test diagnostico che inizia sequenziando tutto il DNA presente in un campione (umano, virale, batterico e fungino) utilizzando una tecnica esistente, chiamata sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS).
Quindi, un programma software esegue la ricerca in tutto il DNA, cercando corrispondenze da un database di ogni agente patogeno noto: trova una corrispondenza e conosci quell’agente patogeno che ha infettato un paziente.
Semplice e rivoluzionario
La versatilità di un test diagnostico universale salta subito all’occhio. Un medico può scegliere qualunque tipo di campione abbia più probabilità di ospitare l’agente patogeno (ad esempio liquido polmonare per un paziente con segni di polmonite). Tuttavia, non deve più preoccuparsi di utilizzare un test progettato per lavorare con quel tipo specifico di campione.
Lo studio
I ricercatori hanno precedentemente dimostrato che la loro tecnica potrebbe essere utilizzata per rilevare virus a RNA da diversi fluidi corporei. Per il loro ultimo studio, pubblicato su Nature Medicine, hanno scelto di concentrarsi su un test diagnostico in grado di identificare il DNA di batteri e funghi.
Per iniziare, i ricercatori hanno utilizzato il loro test diagnostico per analizzare 180 campioni di fluidi corporei di 160 pazienti. Questi campioni erano già stati sottoposti a regolari test diagnostici con due metodi tradizionali: test di coltura (cercando di far crescere microbi in una capsula di Petri) e test PCR.
I ricercatori hanno utilizzato due diverse tecnologie per generare le loro sequenze: il sequenziamento dei nanopori, che può fornire risultati in sole sei ore, e il sequenziamento Illumina, che può gestire molti campioni ma richiede più di 24 ore.
Entrambi i metodi corrispondevano alle diagnosi dei metodi tradizionali in circa il 75% delle infezioni batteriche e nel 91% delle infezioni fungine.
Lo sviluppatore di test diagnostici Charles Chiu con una macchina di sequenziamento. Credito: Elisabeth Fall
Il nuovo test potrebbe essere inizialmente usato dopo che un paziente risulta negativo con altri metodi di routine. Sulla distanza, se risulterà efficace, il test diagnostico universale potrà soppiantare la maggior parte di quelli attuali.
